Có ý kiến cho rằng tuy Abraham Lincoln ủng hộ việc bãi bỏ chế độ nô lệ, nhưng ông làm điều này vì ông cho là chế độ nô lệ làm rạn vỡ sự thống nhất của nước Mỹ chứ không phải vì ông ủng hộ quyền bình đẳng của người da đen. Trong buổi tranh luận với Nghị sỹ Douglas được tổ chức tại Charleston, South Carolina, Abraham Lincoln đã có những tuyên bố phân biệt chủng tộc rõ ràng, và ông không ủng hộ quyền bình đẳng giữa người da trắng và da đen. Ông cho rằng người da trắng và da đen có những khác biệt về mặt sinh học, nên sự bình đẳng giữa 2 chủng tộc là không thể xảy ra:

"...Tôi sẽ nói sau đó rằng tôi không, cũng như không bao giờ, ủng hộ việc mang lại bất kỳ điều gì về bình đẳng xã hội và chính trị giữa các chủng tộc da trắng và da đen - [khán giả vỗ tay]... và tôi sẽ nói thêm rằng có một sự khác biệt về thể chất giữa các chủng tộc da trắng và da đen mà tôi tin rằng sẽ mãi mãi ngăn hai chủng tộc được bình đẳng với nhau về mặt xã hội và chính trị... và tôi cũng như bất kỳ người đàn ông nào khác có vai trò thượng đẳng được giao cho chủng tộc da trắng."[193]

Tuy nhiên, khi phản đối phán quyết Douglas của tòa án tối cao Mỹ (phán quyết năm 1856, theo đó không cấm chế độ nô lệ)[194], Lincoln đã tuyên bố rằng: “Không có lý do gì trên thế giới này khiến cho người da đen không được hưởng tất cả các quyền được liệt kê trong Tuyên ngôn Độc lập - quyền tự do và mưu cầu hạnh phúc. Họ cần được hưởng ngang bằng những người da trắng” [195]

Trong bài diễn văn tại Cincinnati, Ohio vào ngày 17 tháng 12 năm 1859, Lincoln đã nói: "Tôi nghĩ rằng chế độ nô lệ là sai trái, cả về mặt đạo đức lẫn chính trị. Tôi mong rằng nó sẽ không lan rộng hơn nữa tại Hoa Kỳ, và tôi sẽ không phản đối nếu nó dần dần chấm dứt trong toàn bộ Liên minh" [196].

Trong một bức thư gửi tới Albert G. Hodges vào năm 1864, Lincoln đã từng viết rằng "Tôi là người chống chế độ nô lệ một cách tự nhiên. Nếu chế độ nô lệ không phải là sai trái, thì không có gì là sai trái cả" [197]

Tư tưởng phân biệt chủng tộc của Abraham Lincoln bắt đầu được khơi lên từ cuối thập niên 1960, khi những sử gia như Lerone Bennett xem xét lại quan điểm của Lincoln liên quan đến các vấn đề chủng tộc.[198][199] Năm 1968, Bennett gây chấn động dư luận khi gọi Lincoln là người chủ trương "chủng tộc da trắng là thượng đẳng".[200] Những người ủng hộ Lincoln như Dirk và Cashin thì phản bác rằng thái độ phân biệt chủng tộc của Lincoln dù sao vẫn nhẹ hơn hầu hết các chính trị gia Mỹ thời ấy[201]

Theo nhà sử học Eric Foner thì trước khi nội chiến Mỹ nổ ra, Lincoln thực hiện các biện pháp xóa bỏ chế độ nô lệ nhưng rất chậm, bởi vì ông là người mang tư tưởng phân biệt chủng tộc. Kaplan lập luận: Lincoln miễn cưỡng hành động dứt khoát chống lại chế độ nô lệ, điều đó phản ánh sự thỏa hiệp giữa cả hai mặt cá nhân của ông - một sự tận tâm mạnh mẽ đối với Hiến pháp và sự thống nhất của Liêng bang, và sự do dự bởi tư tưởng phân biệt chủng tộc: Lincoln tin rằng nước Mỹ “đã và luôn luôn là quốc gia của một người da trắng”. Lincoln chắc chắn đã có rất nhiều định kiến chủng tộc mà người trong thời đại của ông thường có. Tuy nhiên, khi nội chiến Mỹ diễn ra, quan điểm về chủng tộc của Lincoln đã dần thay đổi. Mặt khác, nhu cầu của chiến tranh buộc ông phải dứt khoát xóa bỏ chế độ nô lệ để có thể tuyển thêm binh lực từ người da đen. Trong sự nghiệp của mình, Lincoln thực sự nói rất ít về vấn đề chủng tộc. Không giống như nhiều người đương thời, ông đã không đưa ra nền tảng về vinh quang của chủng tộc da trắng. Lincoln cũng là tổng thống đầu tiên gặp người da đen ở Nhà Trắng. Đến cuối nhiệm kỳ, ông ủng hộ quyền bầu cử cho một bộ phận những người da đen "có học thức" hoặc từng tham gia quân đội. Tuy nhiên, Lincoln bị ám sát và những kế hoạch trao quyền cho người da đen vào thời kỳ Tái thiết sau đó đã sớm chấm dứt. Nhưng nếu Lincoln không bị ám sát thì cũng sẽ không có sự khác biệt, bởi Chủ nghĩa phân biệt chủng tộc ảnh hưởng quá sâu đậm trong xã hội Mỹ thời đó[202].